1、出口貨物退稅企業(yè)只有在其出口貨物裝載的運輸工具辦結海關手續(xù)后，才能向其報關的海關申請辦理退稅專用報關單。出口貨物在口岸海關直接辦理出口手續(xù)的，由企業(yè)在口岸海關辦理。出口貨物在內地海關報關后轉關至口岸海關出口的，內地海關在收到口岸海關的轉關的通知單回執(zhí)后，才予辦理退稅專用報關單。海關根據(jù)實際出口貨物的數(shù)量、價格等簽發(fā)出口貨物專用報關單，并按規(guī)定收取簽證費。海關簽發(fā)退稅專用報關單的時間為裝載出口貨物的運輸工具辦結海關手續(xù)之日起，至海關放行貨物之日起的六個月內。
2、辦理出口退稅必須在出口貨物實際離境后，因此，存入出口監(jiān)管倉庫的出口貨物要待貨物提取出倉庫并裝載運輸工具離境后，海關才能簽發(fā)出口貨物退稅專用報關單。通過轉關運輸方式存入出口監(jiān)管倉庫的貨物，企業(yè)應在貨物裝載運輸工具離境后，向處境地海關申請辦理出口貨物退稅專用報關單。
3、提取出口保稅倉庫貨物銷售給國內企業(yè)或三資企業(yè)進行深加工產品復出口的，海關按結轉加工的有關規(guī)定辦理，不予簽定出口貨物退稅專用報關單。
4、企業(yè)遺失海關簽發(fā)的出口貨物退稅專用報關單可以補辦，補辦時間為自該出口貨物辦結海關出口監(jiān)管手續(xù)之日起6個月內。補辦時，企業(yè)應先到主管其出口退稅的地(市)國家稅務局申請，稅務機關經(jīng)核實出口貨物確實未辦理過退稅后，簽發(fā)《關于申請出具(補辦報關單)證明的報告》。企業(yè)得到《報告》后，應到出口貨物原簽發(fā)海關去補辦報關手續(xù)。海關憑《報告》補簽出口貨物退稅專用報關單。
5、通過進料加工方式生產的貨物辦理出口退稅時，企業(yè)必須持外經(jīng)貿主管部門批件，先送主管其出口退稅的稅務部門審核簽章，稅務部門逐筆登記并將復印件留存?zhèn)洳?。海關憑有主管出口退稅稅務部門印章的外經(jīng)貿主管部門的批件，辦理出口料件“登記手冊”。企業(yè)因故未能執(zhí)行進料加工合同，需持原“登記手冊”或海關證明到主管稅務部門辦理注銷手續(xù)。
6、出口貨物遇特殊情況發(fā)生退關或退運，如海關已簽發(fā)了出口貨物退稅專用報關單，報關人需將該報關單退交海關;如企業(yè)已交國家稅務局辦理了退稅手續(xù)，則應向稅務局申請《出口商品退運已補稅證明》，在辦理退關或退運報關時隨報關單等一并遞交海關，才予辦理退關或退運。
7、國家對外商投資企業(yè)辦理出口退稅有特殊規(guī)定，根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》和國務院有關規(guī)定，只有1994年1月1日以后辦理工商登記的外商投資企業(yè)才可以辦理出口退稅，而且生產的出口貨物中符合《出口貨物退(免)稅管理辦法》的，才能在辦結海關出口手續(xù)后，申請辦理出口貨物退稅專用報關單
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